Балканы
С 540-х годов на Балканы проникает значительное количество славян; их военная мощь поддерживается соседними племенами тюркского происхождения — кутригурами и аварами. Юстиниан не забывал о защите полуострова, на котором родился: в ознаменование этого события он основал там новый город. Кроме того, по его инициативе были построены несколько сотен оборонительных сооружений различной значимости. Тем не менее, поскольку префектура Иллирии не имела первостепенной важности, войска выводились оттуда в Италию и на Восток.
В 582 году авары захватили Сирмий, город стратегической важности, через который контролировался доступ на Балканский полуостров, и славяне смогли пройти по Греции до самого Пелопоннеса. Они двигались массой, несколькими волнами, особенно в районе Фессалоник, которые они тщетно осаждали сначала в 586, а потом и в 618 году. Защита города была предоставлена жителям Фессалоник и их святому покровителю великомученику Димитрию, как об этом свидетельствуют «Miracula Demetrii («Чудеса св. Димитрия»).
Постоянно увеличивавшиеся в размерах выкупы не смогли сдержать продвижение аваров; их остановил только удар, нанесенный императором Маврикием. Он очистил дунайскую границу, но был свергнут и убит в 602 году армией, которая была отправлена им на зимовку к северу от Дуная.
В то время как персидская война требовала присутствия всех византийских армий на востоке, авары, поддерживаемые славянами, двинулись на Константинополь и осадили столицу в 626 году, но были отброшены, в результате чего аварский каганат распался. Чтобы ограничить влияние аваров, Ираклий позволил сербам и хорватам обосноваться на северо-западе полуострова. Но это не остановило славянской экспансии, которая распространилась на всю Грецию. Историки ведут дебаты о влиянии славянских набегов на греческое население.
Сегодня принято считать, что побережье и острова Эгейского моря, доступные для византийского флота, избежали славянской оккупации и приняли греческих беженцев; на этой территории действовала императорская администрация. Дальше на север «via Egnatia» стала непроходимой между иррахионом и Фессалониками, причем Фессалоники были отрезаны от Константинополя. Что касается далматского берега, то там сохранись зоны латинских поселений, как в Сплите или Задаре, но в целом греческая и латинская части Средиземноморья были захвачены славянами. Славянское завоевание почти полностью рушило сеть городов, унаследованную от античности. Но славяне-земледельцы пополнили сельское население Балкан (в какой мере — все ещё спорят).
Византийские императоры пытались вновь открыть пути сообщения, как только ситуация. Востоке позволила это сделать. Константу II, который выехал из столицы в 662 году пришлось добираться до Фессалоник морем, прежде чем попасть на дорогу, ведущую в Афины и Коринф. В следующем году он отправился в Старый Рим (став последним византийским императором, вплоть до Палеологов, который там побывал). Во время этого путешествия он сделал остановку на Сицилии, почти не пострадавшей от нашествий. Именно там он и был убит в 668 году. Восстановление власти Византии на Балканах было подорвано приходом на полуостров болгар под предводительством хана Аспаруха.
Болгары перешли Дунай и в 681 году победили Константина IV. Император признал их право на завоеванные территории между Хемосом и Дунаем и заплатил выкуп. Отныне новое государство, расположенное вокруг Плиски, делило полуостров с византийцами. Однако, в отличие от отношений с мусульманами, их вражда не стала постоянной: болгары помогали Константинополю в борьбе с арабами.
Потребовалось несколько походов против славян: кампания Юстиниана II в 688 году, когда он взял в плен множество славян и переправил их в Малую Азию; кампания Ставракия в 783 году; а также поход во времена регентства Ирины, чтобы восстановить административные структуры и создать фемы Эллады, Пелопоннеса, а потом и Никополя.
Тем не менее, освободительный процесс шел очень медленно, и только при Константине V Фракия была действительно освобождена и укреплена обновленной цепью крепостей. Несколько позже, после неудавшегося мятежа славян в окрестностях Патраса, Никифор I водворил мир на Пелопоннесе.